青云子仙逝之后，青云一门人才凋零，但青云古卷却是声名在外，惹来无数外敌争夺。

危急存亡之秋，太虚子和真阳子二人，为了能使青云派至少留下一支，决意将青云古卷一分为二，兵分两路。太虚子重返青云山，使青云留住一脉，但决定绝口不对后世弟子提剩下半本古卷之事，谎称自己手中的便是古卷全本，只需一心一意钻研，便可习得青云无上法门，踏入仙道。

真阳子并未死，而是流落至南地古蜀国境内一座荒凉险峻之山，被山脚下一只极通灵性的熊猫所救。为了躲避九幽邪魔的耳目，也为青云子所学有所传承，真阳子决意另立门户，以“万剑”一名开宗立派，决口不提“青云”二字，待势力壮大后，再返中原，除魔卫道，为当年惨死的师兄弟报仇。

万剑门虽与青云同源，但修行的根基法门却大为不同，青云讲究“气为先，以气御剑”，而万剑门却是“剑为先，以剑养气”。万剑与青云在部分招式上有相近之处，御敌之时，两派弟子若能并肩作战，往往能发挥出更强的实力。